En compagnie de Sasuke et de Sakura, Naruto, le pire garnement de l'école des ninjas du village caché de Konoha, poursuit son apprentissage. Kakashi les invite à passer l'examen de sélection des ninjas de "moyenne classe". Sur les lieux de la deuxième épreuve, "la forêt de la mort", ils se font attaquer par un mystérieux ninja, nommé Orochimaru, qui dépose une marque maléfique sur le corps de Sasuke avant de disparaître.
Naruto et Sasuke, qui se sont imposés dans les phases qualificatives de la troisième épreuve, avancent vers la finale, tandis que les mailles du complot d'Orochimaru se resserrent. Naruto triomphe de Neji grâce au chakra de Kyûbi. On reste en revanche sans nouvelles de Sasuke, dont le match est déplacé à la fin du tournoi. Shikamaru, après un combat brillant sur le plan stratégique, abandonne à deux doigts de la victoire sur Temari...