Après avoir survécu à de terribles combats au sein du Monde Magique, Negi et ses élèves sont de retour à Mahora ! Sans prendre le temps de se reposer, le jeune professeur se lance déjà dans un nouveau projet : sauver le Monde Magique en rendant habitable la planète Mars. Mais le succès de cette opération implique un lourd prix à payer... En attendant, les élèves de la 3-A cherchent à percer le secret de Negi : qui est sa favorite ?!