Inconsciente, Rena Mizunashi est transportée à l'hôpital sous la surveillance du FBI. Les hommes en noir qui rôdent dans les parages s'approchent d'elle discrètement. Eisuke Hondô est également entraîné dans la tourmente, et les événements vont s'enchaîner rapidement !

Empoisonné par une organisation d'hommes en noir, Shinichi Kudo redevient un enfant et est contraint de retourner à l'école primaire. Tout en veillant à ce que le secret de sa nouvelle identité soit préservé, il mène des enquêtes et résout des affaires ténébreuses et autres meurtres inexpliqués.