Shinichi Kudo était un brillant lycéen, détective de surcroit. Contraint par une mystérieuse organisation à boire un poison, il voit son corps rajeunir de 10 ans ! Rebaptisé Conan Edogawa pour préserver son secret, il vit chez sa petite amie d'antan, Ran Mouri, dont le père tient une agence de détective. Il va même jusqu'à aller à l'école primaire pour ne pas éveiller les soupçons ! D'un côté, il aide le père de Ran à résoudre des enquêtes bien trop difficiles pour lui, et de l'autre, il recherche les membres de l'organisation, responsable de son état actuel.
Conan, Ran et Kogoro participent à un voyage organisé pour les fans de Sherlock Holmes. Heiji Hattori y participe également et commence à porter de sérieux soupçons sur la véritable identité de Conan. Étrangement, l'organisateur de ce voyage qui est également le propriétaire de la demeure où tous les participants logent, se jette d'une falaise avoisinante au volant de sa voiture. S'ensuivent deux autres affaires de meurtres et de tentatives de meurtres, mais Conan a découvert qui était le coupable et s’apprête à en faire l'annonce à tout le monde sous les traits d'Hattori !