Une fois à Central City, les deux frères Elric font la connaissance des deux personnes qui deviendront leurs plus précieux alliés : Roy Mustang alias l'alchimiste de feu, et le débonnaire Louis Armstrong, colosse au coeur tendre ne manquant jamais une occasion de se déshabiller pour dévoiler son imposante musculature.
Mais pour nos héros, il s'agit surtout de commencer leurs investigations tandis qu'un mystérieux alchimiste est soupçonné de réaliser des expériences interdites sur des humains. C'est d'ailleurs au cours de cette première enquête qu'ils font la connaissance de leur plus redoutable rival, le terrifiant Scar ! Vengeur ténébreux et mystérieux, ce dernier sème la panique sur la capitale, exécutant de sang-froid tous les alchimistes d'Etat qui lui barrent la route.

Les deux frères Elric mènent une expérience d'alchimie interdite qui tourne mal : Edward perd un bras et Alphonse son corps, son esprit se retrouvant enfermé dans une armure. Ils se lancent alors à la recherche de la pierre philosophale qui leur permettra de retrouver leur état initial.