Pour fêter le retour d’Eisuke Hondô au lycée Teitan, Conan et ses amis décident de se rendre au Karaoke Box. Un étrange individu les prend alors en filature ! Mais, quelques instants plus tard, celui-ci est retrouvé mort ! Soudain, de nombreuses questions viennent à l’esprit de Conan ! Qui était ce mystérieux individu ? Un agent du FBI ? Pourquoi les suivait-il ? Et qui a bien pu l’assassiner ? Tant de questions qui trouveront leurs réponses dans ce nouveau volume palpitant !

Empoisonné par une organisation d'hommes en noir, Shinichi Kudo redevient un enfant et est contraint de retourner à l'école primaire. Tout en veillant à ce que le secret de sa nouvelle identité soit préservé, il mène des enquêtes et résout des affaires ténébreuses et autres meurtres inexpliqués.