Conan aidé par les agents Jobie et James Black du FBI essayent d'empêcher les hommes en noir de tuer un candidat à une élection. Ils sont aidés par l'émetteur de Conan collé à la chaussure de Kir, un des hommes en noir. Mais le risque que celui-ci soit découvert est grand, d'autant plus que cela pourrait mettre Ran et Kogoro en danger. Après cela, Conan reste toujours à l'affut. Il découvre alors, avec ses camarades Ayumi, Ai, Genta et Mistuhiko qu'une fille de leur école a disparu. Ils partent ensemble à la recherche de celle-ci. Enfin, un homme sonne à l'agence de Kogoro pour lui demander de retrouver sa copine. Kogoro accepte, mais quand ils retrouvent la demoiselle dans une voiture dans la montagne, elle est déjà morte. Suicide ou meurtre? Rien n'est moins sûr.

Conan et ses amis ont fait la connaissance de Rena Mizunashi, une présentatrice de la télévision. Et voilà qu'ils découvrent qu'elle fait partie de l'organisation des hommes en noir. Ceux-ci compte se servir d'elle pour assassiner un candidat aux élections parlementaires. L'heure de l'éxecution du plan approche. Un affrontement sans merci entre l'organisation et le FBI doit éclater.