Le jeu raconte les aventures de Mario et Luigi à Connexia, un monde jadis formé d'un continent unique, qu'une mystérieuse calamité fragmenta en plusieurs îles à la dérive.
Accompagnés d'Ampéria et Couchomb, les deux frères s'en vont parcourir ce nouveau monde à bord du Navisthme, une île en forme de bateau, afin de retrouver et réunir les îles de Connexia.