Negi et ses élèves ont réussi à remonter d'une semaine dans le temps ! Une petite victoire avant un affrontement majeur : toujours bien décidée à révéler au monde entier l'existence de la magie, Tchao redouble d'efforts pour mettre son plan à exécution. Désormais, les combats se déroulent sur plusieurs fronts : des vagues de robots déferlent sur Mahora, Chisame plonge dans un monde virtuel pour contrer des attaques réseaux, et Mana, sniper émérite, utilise des balles "spatio-temporelles" d'une efficacité redoutable pour gêner Negi et les élèves qui le suivent.