En compagnie de Sasuke et de Sakura, Naruto, le pire garnement de l'école des ninjas du village caché de Konoha, poursuit son apprentissage. Kakashi les invite à passer l'examen de sélection des ninjas de "moyenne classe". Sur les lieux de la deuxième épreuve, "la forêt de la mort", ils se font attaquer par un mystérieux ninja, nommé Orochimaru, qui dépose une marque maléfique sur le corps de Sasuke avant de disparaître.
Naruto et ses compagnons font partie des 7 équipes qui passent le tour. Blessé, Kabuto se retire. Un tour préliminaire, qui consiste en une série de 20 combats individuels, est organisé avant la troisième épreuve. A la fin des combats, Sasuke, Shino, Kankurô, Temari, Shikamaru, Naruto, Neji, Gaara et Dosu restent en lice. Maître Hokage donne 30 jours aux concurrents pour se préparer à l'épreuve principale.
Naruto reprend aussitôt l'entraînement, quand soudain... !