Conan Edogawa est un jeune détective. Il s'agit en réalité de Shinichi Kudo, un détective lycéen. Tout en poursuivant l'organisation des hommes en noir qui l'ont fait rapetisser, il résout une série d'affaires complexes.
Conan et Akai s'échappent de l’hôpital où se terre Rena Mizunashi, leur seul lien potentiel avec l'organisation, lorsque les hommes en noir découvrent sa cachette.
Ceux-ci réussissent à reprendre Rena au cour de l'opération, mais il s'agit en fait d'une tactique élaborée par Conan et Akai afin qu'elle puisse de nouveau infiltrer leur groupe.
Plus tard, en se rendant seul au rendez-vous que lui a donné Rena, Akai est touché par une balle traitresse...