Après une entrée fracassante dans la base secrète de l'ennemi, Negi et son groupe retrouvent Zazie, la plus mystérieuse élève de la 3-A. Grâce à elle, le jeune professeur va alors découvrir à quoi ressemble ce fameux "Monde Parfait"... Mais le temps presse avant la réécriture du Monde Magique, et les combats s'enchaînent, contre des ennemis de plus en plus redoutables ! Negi et ses amis seront-ils à la hauteur ?