Charlotte est un film d'animation biographique qui raconte l'histoire vraie de Charlotte Salomon, une jeune peintre juive allemande, qui grandit à Berlin à la veille de la Seconde Guerre mondiale. Créative et douée, elle rêve de devenir une artiste. Son premier amour applaudit son talent, ce qui la conforte dans sa détermination. Mais le monde qui l'entoure change dangereusement, faisant vaciller son rêve. Lorsque la politique antisémite du chancelier Hitler attise la violence et la haine anti-juive, Charlotte quitte Berlin pour se réfugier dans le sud de la France. Là, elle recommence à peindre, et rencontre un nouvel amour. Mais on travail est interrompu par la révélation d'un secret de famille. Convaincue que seul un acte extraordinaire pourra la sauver, elle se lance dans le projet monumental de peindre l'histoire de sa vie.